第二次忍界大战，长门的父母被木叶忍者误杀，长门成了孤儿，后来结识弥彦和小南，三人成为同伴。弥彦志向远大，希望忍界和平，但在此之前，需要学会忍术，有能力改变忍界，于是弥彦带着长门和小南去寻找木叶三忍的自来也，想请自来也传授他们忍术。自来也看他们年纪小，决定独自留下来照顾他们，后来自来也看见长门拥有轮回眼，惊讶的他决定传授他们忍术，并认定长门就是预言之子，将来有能力改变忍界，给世界带来和平，但自来也回木叶后，半藏为了维护自己的领导主权迫害长门他们，使长门走向了一条不归路，决定让世界体会痛楚。
自来也回木叶后，弥彦被半藏逼迫自杀，弥彦的死，改变了长门的思想
自来也照顾长门他们三年，传授了长门他们忍术，使他们有能力独立自主的生活，自来也看他们都成长了以后，决定先回木叶。于是长门、弥彦、小南三人开始为梦想而奋斗，首先是保护他们雨隐村的安全。后来有一些忍者敬重弥彦，加入了他们，人数越来越多，长门提议弥彦给组织取一个名字，弥彦取名为“晓”，晓的寓意是给世界带来拂晓，带来光明。
晓组织队伍越来越壮大，弥彦他们接受的委托也越来越多，他们立志要为忍界带来和平，从小经历战争的他们体会到战争的痛苦，希望早日结束战争，人与人之间能够相互理解，不是用武力，而是用沟通的方式拉近人与人的距离。晓组织的初衷是好的，但你知道，梦想很丰满，现实却很骨感，梦想不是轻易能实现的，正当晓组织坚持奋斗的时候，团藏注意到了晓组织，并勾结半藏，使半藏为了雨隐村的领导主权决意除掉晓组织。
半藏以小南为人质，要挟长门用苦无杀掉弥彦，弥彦为了小南，主动撞向长门的苦无带着遗憾而亡，对于长门来说，弥彦是他的梦想，是他的目标，是他最重要的挚友，弥彦的梦想就是他的梦想，可弥彦被半藏逼迫自杀，长门开始仇恨，对世界充满绝望，他清楚的感受到人与人之间是不可能相互理解的，一想起弥彦的梦想，长门决定以武力的方式让人们知道战争是有多么的残酷，到时候人们就会恐惧战争，了解痛苦，大家都能和平相处，不再战争。
以前长门想帮助弥彦实现梦想，但弥彦死后，长门决定继承弥彦的梦想，但因为半藏迫害晓组织那次后，长门心灰意冷。过去是以沟通、交涉的方式处理人与人之间的战争，弥彦的死让长门清楚的感受到这种方式太过于天真，于是长门今后走向了另一条路，虽然长门的梦想和弥彦一样，但方式已经不同了。
长门凭轮回眼的力量，想要成为世间的神，决定收集尾兽，利用尾兽的力量发动战争，据长门所说，有了尾兽的力量，人类会以亿为单位的人一瞬间死绝，到时候人类就会恐惧战争，从而平息战争。但是，长门的这种做法比较极端，为了让人们能体会战争的痛楚，人与人之间能够和谐相处，就要牺牲世界上活着的一些人，绝大部分人是不会同意的，尤其自来也，自来也是绝不会同意长门这么做的。
长门很清楚自来也不会同意他这么做，所以自来也去雨隐村快找到他们的时候，长门就说“是吗，是自来也老师吗，真让人怀念，反正不会站在我们这边吧”，这也意味着自来也会是长门的敌人。
为什么长门要杀死恩师自来也？
长门的计划已经走到了一大半，尾兽也收集到了几只，只要九只尾兽捕捉完成，就能制造拥有绝对力量的兵器，虽然长门被带土利用了，但当时对于长门来说，捕捉尾兽是长门的目标，其中九尾在木叶鸣人的体内，长门也知道鸣人是自来也的弟子，想要收集九尾，就得先过自来也这关。
自来也是木叶三忍之一，实力高强，如果不除掉自来也，将来自来也一定会阻碍、破坏长门的计划，长门为了他的梦想，为了他的计划努力了十多年，好不容易快要到终点了，是绝不会放弃的，并且捕捉尾兽是最终阶段，也是最关键的阶段，不容任何人阻碍他，不然十多年的心血就白费了。
终于到了最后关键的阶段，对于长门来说至关重要，绝不允许失败，任何有实力妨碍他的人，他都必须得除掉，否则只会失败，自来也是长门的老师，长门很清楚自来也的实力，如果不杀掉自来也，长门的计划就会难以实现，并且还有可能彻底失败，所以长门为了他的梦想和计划能顺利实现，只能杀掉自来也，如果自来也站在长门这边，长门也不会杀自来也，可自来也没有站在长门这边，而是站在和长门对立的一面，长门只能杀了他。
综上所述，我认为长门为了他的梦想筹划、努力了十多年，终于快要实现自己的梦想了，他不希望有任何妨碍他实现梦想的人，自来也实力高强，一旦让自来也活着，日后会是长门的劲敌，长门的计划因为自来也恐怕难以实现，所以长门为了以防万一，计划能顺利进行，只能杀死自己的恩师自来也。